Sempre me perguntei por que o Japão tem essa grafia no ocodente, sendo que os japoneses chamam o país de “Nihon”, que não parece nem um pouco.

A resposta está na China. Em chinês, Japão se escreve
日本 – Riben

Cuja pronúncia é bem mais próxima de Japão.

Como, em tempos antigos, quase tudo o que sabia do Japão vinha da China, esta é uma explicação possível.